these IPB2007

Proposition de sujet de thèse :Applications de la transformation ondelettes 1D et 2D pour l’analyse de l’organisation fonctionnelle etstructurelle des génomesAlain ArneodoLaboratoire Transdisciplinaire Joliot Curie et Laboratoire de Physique, Ecole Normale Supérieure de LyonAlain.Arneodo@ens-lyon.frSituation du sujetLes percées expérimentales en génomique concernent principalement le séquençage de génomes entiers,l’obtention de profils d’expression pour un protéome complet et la détermination systématique desinteractions protéine-protéine. Afin de progresser dans l’annotation et l’interprétation de ces donnéesbiologiques s’accumulant de façon vertigineuse, il apparaît comme nécessaire de proposer une cadrecommun pour leur analyse. La structure et la dynamique de la chromatine dans les cellules doivent garantirl’accès coordonné aux régions promotrices des facteurs de transcription essentiels pour l’expression efficacedes gènes. De ce fait, il est très probable que les modifications topologiques de l’ADN in vivo participent à larégulation fonctionnelle du génome. Chez la bactérie Escherichia coli, la transcription a principalement lieuen surface du nucléoide. Des propriétés équivalentes sont observées pour l’expression des gènes dans lenoyau eucaryote. Réciproquement, les ARN- et ADN- polymérases, par leurs déplacements processifs sur leschaînes de poly-nucléotides, peuvent jouer le rôle de moteurs moléculaires. Ces complexes protéiquesassurant la ...