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Universit´e Paris 7 – Denis-DiderotUFR d’Informatique`Thesepour l’obtention du diplˆome deDocteur de l’Universit´e Paris 7, sp´ecialit´e informatique´Etude d’un formalisme concurrent pour les´ `phenomenes d’auto-organisation et la biologie´moleculairepr´esent´ee et soutenue publiquement parFabien Tarissanle 13 d´ecembre 2006devant le jury compos´e deNadia Busi rapporteuseAlessandra Carbone examinatriceGuy Cousineau pr´esident du juryVincent Danos directeur de th`eseJean-Louis Giavitto rapporteur2Table des mati`eres1 Introduction 92 Un langage de collision 152.1 Le langage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162.1.1 Une syntaxe pour les agents . . . . . . . . . . . . . . . . 162.1.2 La s´emantique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192.2 R´e-interpr´etation duπ-calcul . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.2.1 Pr´esentation duπ-calcul . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212.2.2 Un codage syntaxique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232.2.3 La correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 292.3 Une version plus ´el´ementaire de la communication . . . . . . . 333 Auto-assemblage d’arbres 373.1 Sp´ecification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383.1.1 Arbres, graphes et graphes bipartites . . . . . . . . . . . 383.1.2 Les arbres coh´erents . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 403.2 L’assemblage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 433.2.1 Une ...