Towards the understanding of fluorescence quenching mechanisms [Elektronische Ressource] : molecular dynamics simulations of dye-quencher interactions in biomolecular systems / presented by Andrea C. Vaiana

Dissertation submitted to the Combined Faculties for the Natural Sciences and for Mathematics of the Ruperto-Carola University of Heidelberg, Germany for the degree of Doctor of Natural Sciences Presented by Dipl.-Phys. Andrea C. Vaiana Born in Cambridge MA (USA) Oral examination: 02.12.2004 Towards the Understanding of Fluorescence Quenching Mechanisms: Molecular Dynamics Simulations of Dye-Quencher Interactions in Biomolecular Systems. Referees: Prof. Dr. Jeremy C. Smith Prof. Dr. Heinz Horner Zusammenfassung Der Nachweis von p53-Antikörpern ist ein wichtiges Diagnoseverfahren zur Krebsfrüherkennung und Verlaufskontrolle. Mit Hilfe des Farbstoffes MR121 kann ein solcher Nachweis mittels Fluoreszenspektroskopie geführt werden. Grundlage der Fluoreszenzlöschung (quenching) des Farbstoffes ist dessen bimolekulare Wechselwirkung mit Tryptophanresten. Die molekularen Mechanismen, die dieser Fluoreszenzlöschung zu Grunde liegen, sind weitestgehend unbekannt. In der vorliegenden Arbeit werden MD-Kraftfeldparameter für die Farbstoffe Rhodamine 6G (R6G) und MR121 entwickelt und die Wechselwirkungen zwischen Farbstoff und Quencher (Trp) mittels Molekulardynamik Simulationen untersucht.