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Généralités sur les structures de protéinesLe Paradoxe de Levinthal:En 1969 Cyrus Levinthal a noté qu'à cause du grand nombre de degrés de liberté dans unpolypeptide déplié, une protéine a un nombre astronomique de conformations (une estimation300de 10 est donnée dans l'article original). Si la protéine cherchait sa conformation repliéecorrecte séquentiellement, il lui faudrait un temps plus grand que l'âge de l'univers. Ceci estvrai même si les conformations étaient testées à un taux rapide (ordre de la picoseconde). Eneffet, si l'on considère seulement 2 états de conformation pour un acide aminé, un polypeptide100 30de 100 acides aminés possèderait 2 états possibles de conformation (soit environ 10 ). Si-12 30 -12 18on donne 1 picoseconde (10 s) pour changer de conformation, il faut 10 *10 soit 1010secondes ou encore 3.10 ans.Beaucoup de petites protéines se replient spontanément sur une échelle de temps de l'ordre dela milliseconde ou même de la microseconde. Le temps de génération de E. coli peut être del'ordre de 20 mn (phase exponentielle de croissance), ce qui indique que toutes les protéinesessentielles se replient sur un temps d'au plus quelques minutes.En fait, le paradoxe montre simplement que les protéines se replient en suivant un chemin nonaléatoire qui n'explore pas toutes les possibilités. De plus, les conformations d'un acide aminédépendent de celles de ses voisins (l'indépendance suposée dans le paradoxe est fausse).Quelques faits :Le ...