Recherche de régions génomiques conservées - Modèle ...

Recherche de régions génomiques
conservées
Modèle mathématique et test statistique
1 2S. Grusea, E. Pardoux V. Lopez Rascol, P. Pontarotti
1L.A.T.P., C.M.I.
2Laboratoire de Phylogénomique EA 3781 Évolution Biologique
Université de Provence
Séminaire des doctorands, 21 janvier 2006
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 1 / 191 Introduction
Contexte biologique
Significativité
2 Modèle mathématique
Formulation du problème
Test statistique
Solution par la méthode de Monte Carlo
3 Vers une solution plus mathématique
Modèle mathématique simplifié
Exemple : le cas sans familles de gènes
Comportement asymptotique
Conclusion
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 2 / 19Région conservée (cluster conservé de gènes) :
deux régions chromosomiques ayant un certain nombre de gènes
orthologues en commun.
Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations évolutives entre espèces
des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 3 / 19Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations ...