Physical aspects of chromatin constituents [Elektronische Ressource] : DNA dynamics and nucleosome positioning / vorgelegt von Wolfram Möbius

Physical aspects of chromatin constituentsDNA dynamics and nucleosome positioningWolfram M obiusMunchen 2010Physical aspects of chromatin constituentsDNA dynamics and nucleosome positioningWolfram M obiusDissertationan der Fakult at fur Physikder Ludwig{Maximilians{Universit atMunc henvorgelegt vonWolfram M obiusaus EisenachMunc hen, den 5. M arz 2010Erstgutachter: Prof. Dr. Ulrich GerlandZweitgutachter: Prof. Dr. Jens MichaelisTag der mundlic hen Prufung: 6. Mai 2010ContentsZusammenfassung ixAbstract xi1. DNA and nucleosomes 11.1. The structure of DNA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21.2. DNA and the worm-like chain model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.3. DNA as the substrate for nucleosome formation . . . . . . . . . . . . . . . . . 62. Dynamics of a knotted polymer under strong con nement 132.1. Knots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.2. Polymers under con nement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152.3. Knots in strongly con ned polymers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 162.4. Outlook: two overlapping p under strong con nement . . . . . . . . . 192.5. Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202.6. W. M obius, E. Frey, and U. Gerland, Nano Letters, 8, 4518 (2008) . . . . . . 213. Dynamics of nucleosomal DNA 273.1. Introduction to the site exposure mechanism .