Photoactivated processes in condensed phase studied by molecular dynamics simulations [Elektronische Ressource] / von Lars Schäfer

Photoactivated Processesin Condensed Phase studied byMolecular Dynamics SimulationsVon der Fakultat fur Lebenswissenschaftender Technischen Universitat Carolo-Wilhelminazu Braunschweigzur Erlangung des Grades einesDoktors der Naturwissenschaften (Dr. rer. nat.)genehmigteDissertationvonLars Schaferaus Braunschweig21. Referent: Prof. Dr. Marcus Elstner2.t:Prof. Dr. Helmut Grubmullereingereicht am: 11.04.2007mundlic he Prufung (Disputation) am: 13.06.2007Druckjahr 2007Vorveröffentlichungen der Dissertation Teilergebnisse aus dieser Arbeit wurden mit Genehmigung der Fakultät für Lebenswissenschaften, vertreten durch den Mentor der Arbeit, in folgenden Beiträgen vorab veröffentlicht: Publikationen M. Andresen, M. C. Wahl, A. C. Stiel, F. Gräter, L. Schäfer, S. Trowitzsch, G. Weber, C. Eggeling, H. Grubmüller, S. W. Hell, and S. Jakobs: Structure and mechanism of the reversible photoswitch of a fluorescent protein. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 13070-13074. O. F. Lange, L. Schäfer, and H. Grubmüller: Flooding in GROMACS: Accelerated barrier crossings in molecular dynamics. J. Comp. Chem., 2006, 27, 1693-1702. L. Schäfer, G. Groenhof, A. R. Klingen, G. M. Ullmann, M. Boggio-Pasqua, M. A. Robb, and H. Grubmüller: Photoswitching of the Fluorescent Protein asFP595: Mechanism, Proton Pathways, and Absorption Spectra. Angew. Chemie int. Ed., 2007, 46, 530-536. L. Schäfer, E. M. Müller, H. E. Gaub, and H.