New methods for the prediction and classification of protein domains [Elektronische Ressource] / Jan Erik Gewehr

New Methods for the Prediction andClassiflcation of Protein DomainsJan Erik GewehrMunchen˜ 2007New Methods for the Prediction andClassiflcation of Protein DomainsJan Erik GewehrDissertationan der Fakult˜at fur˜ Mathematik und Informatikder Ludwig{Maximilians{Universit˜atMunc˜ henvorgelegt vonJan Erik Gewehraus Lub˜ eckMunc˜ hen, den 01.10.2007Erstgutachter: Prof. Dr. Ralf ZimmerZweitgutachter: Prof. Dr. Dmitrij FrishmanTag der mundlic˜ hen Prufung:˜ 19.12.2007Contents1 Motivation and Overview 11.1 The Beneflt of Protein Structure Prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.2 Thesis Outline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 Introduction to Protein Structure Prediction 72.1 Protein Structures and Related Databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.1.1 From Primary to Tertiary Structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.1.2 Structure-Related Databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.2 Assignment of Protein Domains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.2.1 An Old Problem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.2.2 Comparison of Domain Assignments . . . . . . . . . . . . . . . . . 112.3 Structure Prediction Categories . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.3.1 Comparative Modeling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.3.2 Fold Recognition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142.3.3 Ab Initio . . . . . .