Mutational dynamics and phylogenetic utility of plastid introns and spacers in early branching eudicots [Elektronische Ressource] / von Anna-Magdalena Barniske

Mutational dynamics and phylogenetic utility of plastid introns and spacers in early branching eudicots Dissertation zur Erlangung des akademischen Grades Doctor rerum naturalium (Dr. rer. nat.) vorgelegt der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Technischen Universität Dresden von Dipl.-Biol. Anna-Magdalena Barniske geboren am 19. März 1976 in Halle/Saale Eingereicht am 26.10.2009 Verteidigt am 16.12.2009 Die Dissertation wurde in der Zeit von 02/2005 bis 10/2009 im Institut für Botanik angefertigt 1. Gutachter: Prof. Dr. Christoph Neinhuis, Dresden 2. rof. Dr. Dietmar Quandt, Bonn 2 to my grandmother 3Table of contents ACKNOWLEDGEMENTS 5 INTRODUCTION 6 IION – THE EARLY-DIVERGING EUDICOTS 6 MATERIAL, METHODS & RELATED DISCUSSION 9 RESULTS & DISCUSSION 12 CONCLUSIONS 15 CHAPTER 1 16 CORROBORATING THE BRANCHING ORDER AMONG EUDICOTS: TESTING FOR PHYLOGENETIC SIGNAL AMONG CHLOROPLAST INTRONS AND SPACERS 16 1.1 ABSTRACT 17 1.2 INTRODUCTION 18 1.3 MATERIAL AND METHODS 21 1.4 RESULTS 36 1.5 DISCUSSION 45 1.5.1 Relationships among early-diverging eudicots 45 1.5.2 Testing hypotheses of a unique genome history with parsimony, Bayesian and likelihood approaches 49 1.5.