Molecular mechanism for degradation of transcriptionally stalled RNA polymerase II in the yeast Saccharomyces cerevisiae [Elektronische Ressource] / Eleni Karakasili

Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Fakultät für Chemie und Pharmazie der Ludwig-Maximilians-Universität München Molecular Mechanism for Degradation of Transcriptionally Stalled RNA Polymerase II in the Yeast Saccharomyces cerevisiae Eleni Karakasili from Marousi, Greece 2010 ERKLÄRUNG Diese Dissertation wurde im Sinne von §13 Abs. 3 bzw. 4 der Promotionsordnung vom 29. Januar 1998 von Herrn Professor Dr. Patrick Cramer betreut. EHRENWÖRTLICHE VERSICHERUNG Diese Dissertation wurde selbständig, ohne unerlaubte Hilfe erarbeitet. München, den 19.07.2010 Eleni Karakasili Dissertation eingereicht am 19.07.2010 1. Gutachter: Prof. Dr. Patrick Cramer 2. Gutachter: Prof. Dr. Dietmar Martin Mündliche Prüfung am 04.10.2010 II SUMMARY Transcription of protein coding genes by RNA polymerase II (RNAPII) is an essential step in gene expression. Transcription elongation is a highly dynamic and discontinuous process that includes frequent pausing of RNAPII, backtracking, and arrest both in vitro and in vivo. Consequently, a multitude of transcription elongation factors are needed for efficient transcription elongation. When transcription elongation factors fail to “restart” RNAPII the persistently stalled RNAPII complex prevents transcription and thus has to be recognized and removed to free the gene for subsequent polymerases.