Investigation of proton transfer pathways in bacteriorhodopsin with multi-length-scale simulations [Elektronische Ressource] / von Prasad Vishwas Phatak

InvestigationofProtonTransferPathwaysinBacteriorhodopsinwithMulti-Length-ScaleSimulationsVon der Fakultat¨ fur¨ Lebenswissenschaftender Technischen Universitat¨ Carolo-Wilhelminazu Braunschweigzur Erlangung des Grades einesDoktors der Naturwissenschaften(Dr. rer. nat.)genehmigteD i s s e r t a t i o nvon Prasad Vishwas Phatakaus Mumbai /Indien1. Referent: Professor Dr. Marcus Elstner2. Dr. Karl-Heinz GerickeEingereicht am: 06.04.2009Mundliche¨ Prufung¨ (Disputation) am: 08.07.2009Druckjahr 2009Vorveroffentlichungen¨ derDissertationTeilergebnisse aus dieser Arbeit wurden mit Genehmigung der Fakultat¨ fur¨¨Lebenswissenschaften, vertreten durch den Mentor der Arbeit, in folgenden Beitragenvorab verof¨ fentlicht:1. Amino acids with an intermolecularpProton bond as proton storage site inbacteriorhodopsin Phatak , P.; Ghosh , N.; Yu. H.; Cui, Q. and Elstner, M. Proc. Natl. Acad.Sci. USA2008, 105, 19672-19677. These authors contributed equally to this work.2. Long-distance proton transfer with a break in the bacteriorhodopsin activesitePhatak, P.; Frahmck¨ e, J.S.; Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Smith,J.C.; Suhai, S.; Bondar, A.N. and Elstner, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131,7064-7078.Parts of this thesis were published in (1) and (2).CopyrightStatementChapter 7 reproduced in part with permission from Journal of American ChemicalSociety (Phatak, P.; Frahmck¨ e, J.S.; Wanko, M.; Hoffmann, M.; Strodel, P.; Smith,J.C.; Suhai, S.