Facilitating functional interpretation of microarray data by integration of gene annotations in correspondence analysis [Elektronische Ressource] / vorgelegt von Christian Busold

Facilitating functional interpretation ofmicroarray data by integration of geneannotations in Correspondence AnalysisDissertationzur Erlangung des naturwissenschaftlichen Doktorgradesder Fakultät für Biologiean der Bayerischen Julius Maximilians Universität Würzburgvorgelegt vonChristian BusoldHamelnWürzburg, 2006Eingereicht am ..................................................Mitglieder der Prüfungskommission:Vorsitzender: Prof. Müller1.Gutachter: Prof. Dandekar2.Gutachter: Prof. WiemannTag des Promotionskolloqiums:..........................Doktorurkunde ausgehändigt am:........................Für meine Eltern: Friedlinde und Klaus BusoldContents1 Introduction 11.1 Microarray technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.2 Ontology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.3 Current methods to analyze microarray data in context of annotation data . . 52 Integration of gene annotation data 82.1 Gene Ontology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.1.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.1.2 The structure of GO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112.1.3 Annotation of gene products . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122.1.4 Exploiting the ’true path rule’ - i.e. how to associate genes to GO terms 132.2 Integration of gene annotation data in Correspondence Analysis . . . . . . . 142.2.