Detection of protein modifications by noise model based analyses of regulatory information [Elektronische Ressource] / von Claudia Hundertmark

Detection of Protein Modifications byNoise Model Based Analyses ofRegulatory InformationVon der Carl-Friedrich-Gauß-FakultätTechnische Universität Carolo-Wilhelmina zu Braunschweigzur Erlangung des GradesDoktor-Ingenieurin (Dr.-Ing.)genehmigteDissertationvon Claudia Hundertmarkgeboren am 26.04.1976in BerlinEingereicht am: 11.11.2008Mündliche Prüfung am: 18.12.2008Referent: Prof. Dr. F. KlawonnKorreferent: Prof. Dr. J. WehlandKorreferent: Prof. Dr. H.-D. Ehrich(2009)ContentsZusammenfassung 1Summary 21 Introduction 32 Proteomics 52.1 Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.1.1 Composition of Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.1.2 Protein Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.1.3 Modifications of Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.1.4 Phosphorylation of Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.2 Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.2.1 Instrumentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.2.2 Proteomics Approaches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102.2.3 Combination of Mass Spectrometry and ChromatographicTechniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.3 Quantification of Peptides and Proteins . . . . . . . . . . . . . . . . 132.4 Experimental Data and Data Processing . . . . . . . . . . . . . . . 17TM3 iTRAQ -specific Noise Model 183.1 Data Preprocessing . . .