Computational analysis of metagenomic data [Elektronische Ressource] : delineation of compositional features and screens for desirable enzymes / vorgelegt von Konrad Ulrich Förstner

Computational analysis ofmetagenomic data: delineation ofcompositional features and screens fordesirable enzymesDissertation zur Erlangungdes naturwissenschaftlichen Doktorgradesder Bayerischen Julius-Maximilians-Universit at Wurzb urgvorgelegt vonKonrad Ulrich F orstnerHeidelbergWurzburg 2008Eingereicht am:Mitglieder der Promotionskommission:- Vorsitzender: Prof. Dr. Martin J. Muller- 1. Gutachter: Dr. habil. Peer Bork- 2. Gutachter: Prof. Dr. Thomas DandekarTag des Promotionskolloquiums:Doktorurkunde ausgeh andigt am:ILicenseThis cumulative PhD thesis excepting Appendix A, B, C and G is licensed under theCreative Commons Attribution 3.0 License.See http://creativecommons.org/licenses/by/3.0/ for details.Konrad U. F orstner, 2008IIDedicated to the free access to humankind’s knowledge.IIIContents1 Summary/Zusammenfassung 21.1 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21.2 Zusammenfassung . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 Introduction 102.1 The advent of metagenomics and its implications . . . . . . . 102.2 The metagenomic work ow . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122.3 Data sets used . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122.4 Analysis of genomic features of metagenomic samples . . . . . 142.5 Screening for enzymes in metagenomic samples . . . . . . . . . 153 Discussion 193.1 Genomic features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193.2 Screening for enzymes .