Biophysical characterization of ABC transporters catalyzing import and export function [Elektronische Ressource] / von Britta Tschapek

Biophysical characterization of ABC transporters catalyzing import and export function Inaugural-Dissertation zur Erlangung des Doktorgrades der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Heinrich-Heine Universität Düsseldorf vorgelegt beim Fachbereich Biochemie von Britta Tschapek aus Viersen Düsseldorf, Februar 2011 Gedruckt mit der Genehmigung der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät der Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf 1. Gutachter: Prof. Dr. Lutz Schmitt 2. Gutachter: PD Dr. Ulrich Schulte Tag der mündlichen Prüfung: ABSTRACT II ZUSAMMENFASSUNG IV 1. INTRODUCTION 1 1.1 ABC-TRANSPORTER 1 1.1.1 NUCLEOTIDE BINDING DOMAINS 4 1.1.2 SUBSTRATE BINDING PROTEINS 6 1.2 OBSTACLES TO OVERCOME: STUDYING ABC-TRANSPORTERS IN VITRO 9 1.3 BIOPHYSICAL METHODS: ANALYZING DETERGENTS 10 1.3.1 CMC DETERMINATION 11 1.3.2 CALCULATING AGGREGATION NUMBERS 13 1.4 TYPE I SECRETION IN ESCHERICHIA COLI: A MULTI PROTEIN COMPLEX INCLUDING THE ABC-TRANSPORTER HLYB 15 2. LITERATURE 19 CHAPTER I 23 CHAPTER II 39 CHAPTER III 72 CHAPTER IV 118 CHAPTER V 127 CHAPTER VI 150 CHAPTER VII 166 I Abstract Abstract This work contributes to an understanding of substrate recognition and translocation performed by ABC-transporters. ABC-transporter form one of the largest protein-familiy of membrane proteins.