Biologically meaningful classification of protein sequences [Elektronische Ressource] : a bioinformatic approach / von Tancred Gilles Frickey

Biologically m eaningful cl assification o f pro teinsequences – a  b ioinformatic  approachder Fakultät für Biologieder E berhard Kar ls Uni versität Tü bingenzur Erlangung des G rades ei nes Doktorsder N aturwissenschaftenvonTancred Gil les Fr ickeyaus New  Yo rkvorgelegteD i s s e r  t a t i o  n2005Tag  der  mündlichen Prüfung: 20.07.2005Dekan: Prof. Dr. Friedrich Schöffl1. Berichterstatter: Prof. Dr. Andrei  Lupas2. Berichterstatter: Prof. Dr. Alfred  NordheimTable of  contents:Curriculum V itaeAbstract  (German)Introduction: 1­Aligning  two sequences 2­Finding  sequence  relatives 3­Phyl ogenetic tree construction 4­Bo otstrapping 8­Suboptim al  alignment 10 and  mutational  saturation­Evolution, lateral­gene transfer  11 and  genome  duplication­Prot ein  classification 14­Aim 16Results and  Discussion: 18­ Project  I:  PhyloGenie 18­  II:  Alignment  validation 19­ Project  III: CLANS 20­  IV: Phylogenetic analysis of AAA­proteins 21Contribution: 23Appendix: 25­BLOSUM62  substitution matrix 25­Phyl oGenie: automated  phylome  generationand  analysis.­C LANS: a Java  application for visualizing protein  families  based  on pairwise  similarity.­Phyl ogenetic analysis of AAA­proteins.Bibliography: I­III     Curriculum V itaeName: Tancred Gill es F rickey Birth: 28.08.74 in New  Y orkAddress: Vöchtingstr. 0 972076 Tu ebingen, G ermanyTelephone: +49 (0) 7071 6 01342 ( work)Father: Franklin William F rickey ( 09.