Bioinformatics methods for NMR chemical shift data [Elektronische Ressource] / Simon W. Ginzinger

Bioinformatics Methods for NMRChemical Shift DataDissertationan der Fakultat fur Mathematik, Informatik und Statistik¨ ¨der Ludwig-Maximilians-Universitat Munchen¨ ¨Simon W. Ginzingervorgelegt am 24.10.2007Erster Gutachter:Prof. Dr. Volker Heun, Ludwig-Maximilians-Universita¨t Mu¨nchenZweiter Gutachter:Prof. Dr. Robert Konrat, Universit¨at WienRigorosum: 8. Februar 2008KurzfassungDienukleareMagnetresonanz-Spektroskopie(NMR)isteinederwichtigstenMeth-oden, um die drei-dimensionale Struktur von Biomolekulen zu bestimmen. Trotz¨großer Fortschritte in der Methodik der NMR ist die Aufl¨osung einer Protein-struktur immer noch eine komplizierte und zeitraubende Aufgabe. Das ZieldieserDoktorarbeitistes,Bioinformatik-Methodenzuentwickeln,diedenProzessder Strukturaufklarung durch NMR erheblich beschleunigen konnen. Zu diesem¨ ¨Zweck konzentriert sich diese Arbeit auf bestimmte Messdaten aus der NMR, dieso genannten chemischen Verschiebungen.Chemische Verschiebungen werden standardma¨ßig zu Beginn einer Struktur-auflosung bestimmt. Wie alle Labordaten konnen chemische Verschiebungen¨ ¨Fehlerenthalten,diedieAnalyseerschweren,wennnichtsogarunm¨oglichmachen.Als erstes Resultat dieser Arbeit wird darum CheckShift pr¨asentiert, eine Meth-ode, dieesermoglich einen weit verbreiteten Fehlerinchemischen Verschiebungs-¨daten automatisch zu korrigieren.DasHauptzieldieserDoktorarbeitistesjedoch, strukturelleInformationenauschemischen Verschiebungen zu extrahieren.