Automated kinetic simulation of molecular interaction networks [Elektronische Ressource] / von Jakub Pijewski

Automated kinetic simulation ofmolecular interaction networksDissertationzur Erlangung des Doktorgradesder Naturwissenschaftenvorgelegt beim Fachbereich Biowissenschaftender Johann Wolfgang Goethe Universit¨atin Frankfurt am MainvonJakub Pijewskiaus WarschauFrankfurt 2007(D30)vom Fachbereich Biowissenschaften derJohann Wolfgang Goethe-Universit¨atals Dissertation angenommenDekan: Prof. Dr. Rud¨ iger WittigErster Gutachter: Prof. Dr. Bernd Schu¨rmannZweiter Prof. Dr. Gisbert SchneiderDatum der Disputation:ContentsContents i1 Introduction 31.1 Features of MIN in the cell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.1.1 Definition of molecular interaction . . . . . . . . . . . 31.1.2 Detection of interactions and networks . . . . . . . . 41.1.3 Topological characteristics of MIN . . . . . . . . . . . 51.1.4 Combinatorial complexity in MIN . . . . . . . . . . . 71.2 Models of MIN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81.2.1 Overview of modeling strategies . . . . . . . . . . . . 81.2.2 Kinetic models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91.2.3 Elementary and approximated mass action approach 111.3 Summary of modeling requirements and alternatives . . . . . 132 Formal description of molecular interaction networks 152.1 Conceptual framework . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152.1.1 Two-level network representation . . . . . . . . . . . 162.1.2 Components of the model . . . . . . . . . . . . . . . 172.1.