Analyse de données de spectrométrie de masse

Les données de spectrométrie de masse
Pré-traitements et premiers problèmes statistiques
Inférence statistique
Analyse de données de spectrométrie de masse
A. Antoniadis, J. Bigot, S. Lambert-Lacroix, F. Letué
Laboratoire Jean Kuntzmann, Grenoble
octobre 2009Les données de spectrométrie de masse
Pré-traitements et premiers problèmes statistiques
Inférence statistique
Plan de l’exposé
Acquisition de données SELDI-TOF (ou MALDI-TOF)
Pré-traitements et premiers problèmes statistiques
Débruitage
Suppression du bruit de fond
Normalisation, alignement et quantification des spectres
Inférence statistique
Analyse de la variance fonctionnelle
Modèles à effets aléatoires
Extraction des biomarqueurs
Apprentissage et techniques de classification.Les données de spectrométrie de masse
Pré-traitements et premiers problèmes statistiques
Inférence statistique
Acquisition des données
Des protéines purifiées ou partiellement purifiées extraites d’un
échantillon biologique (sérum par exemple) sont mélangées à
un acide qui permet au mélange de se cristalliser lorsqu’il
sèche.
Le mélange est alors appliqué sur une lame d’acier inoxydable
pré-traitée qui retient à sa surface de manière préférentielle des
classes particulières de protéines selon leurs propriétés
physio-chimiques.
L’échantillon est placé dans un tube à vide et le cristal est
soumis à un rayonnement laser, entraînant une ionisation des
protéines et un détachement (en phase gazeuse).
Les molécules de protéines ionisées en phase ...