Accurate prediction of protein-coding genes with discriminative learning techniques [Elektronische Ressource] / vorgelegt von Gabriele Schweikert

Accurate Prediction of Protein-Coding Geneswith Discriminative Learning Techniquesvorgelegt vonDiplom-PhysikerinGabriele Beate Schweikertaus Heidenheim a.d. BrenzVon der Fakult at IV | Elektrotechnik und Informatikder Technischen Universit at Berlinzur Erlangung des akademischen Grades einesDoktor der NaturwissenschaftenDr. rer. nat.genehmigte DissertationPromotionsausschuss:Vorsitzender: Prof. Dr. Manfred OpperBerichter: Dr. Gunnar R atschBerichter: Prof. Dr. Klaus-Robert MullerBerichter: Prof. Dr. Bernhard Sch olkopfTag der mundlic hen Aussprache: 24.11.2010Berlin 2010D 83ErklarungHiermit erkl are ich, dass ich diese Schrift selbst andig und nur mit den angege-benen Hilfsmitteln angefertigt habe und dass alle Stellen, die im Wortlaut oder demSinne nach anderen Werken entnommen sind, durch Angaben der Quellen kenntlichgemacht sind.G ottingen, 2010 Gabriele SchweikertFur AntoniaAbstractNowadays, the sequences of complete genomes for more and more organisms arrive atgreat pace. The aim of this thesis was therefore, to develop a novel, e cient and ac-curate method for the detection of protein-coding genes by computational means. Thefocus was put on eukaryotic genomes, where the open reading frames of these genes aretypically interrupted by non-coding introns. In contrast to most existing gene nders, Icreated a purely discriminative system, thus achieving signi cant improvements in the ac-curacy of the predictions.