3D reconstruction of neural circuits from serial EM images [Elektronische Ressource] / vorgelegt von Nina Maack

3D Reconstruction of Neural Circuitsfrom Serial EM ImagesNina MaackMunchen 20083D Reconstruction of Neural Circuitsfrom Serial EM ImagesNina MaackDissertationzur Erlangung des Doktorgradesder Naturwissenschaften (Dr. rer. nat.)der Fakult at fur Biologieder Ludwig{Maximilians{Universit at Munc henAngefertigt am Max-Planck-Institut fur NeurobiologieAbteilung "Neuronale Informationsverarbeitung"vorgelegt vonNina Maackaus Landsberg/LechMunc hen, den 29.04.2008Erstgutachter: Professor Dr. Alexander BorstZweitgutachter: Professor Dr. Benedikt GrotheTag der mundlic hen Prufung: 20.06.2008Table of ContentsTable of Contents iList of gures . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iiiAbbreviations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ivAbstract 11 Introduction 31.1 Neural Circuit Reconstruction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.2 Microscopy Techniques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51.2.1 Serial Section Transmission Electron Microscopy . . . . . . . . . . . 51.2.2 Serial Block-Face Scanning Electrony . . . . . . . . . . 71.3 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122 Materials and Methods 132.1 Specimen Preparation for SBFSEM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.1.1 Fly Brain Preparation and Fixation . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132.1.2 Staining . . . . . . . . . .