Tutorial Coot

Coot TutorialCCP4 WorkshopApril 8, 2005Contents1 Mousing 22 First Steps 22.1 Get the les . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22.2 Start Coot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22.3 Display Coordinates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32.4 Adjust Virtual Trackball . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32.5 Display maps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42.6 Zoom in and out . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42.7 Recentre on Different Atoms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62.8 Change the Clipping (Slab) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.9 Recontour the Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.10 Change the Map Colour . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.11 Select a Map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83 Model Building 83.1 Rotamers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93.2 More Real Space Re nement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 Blobology 104.1 Find Blobs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104.1.1 Blob 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104.1.2 Blob 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114.2 Make a (Pretty?) Picture . . . . . . . . . . . . . ...