Tutorial-Biopython

Biopython Tutorial and CookbookJe Chang, Brad Chapman, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Michiel de Hoon, Peter CockLast Update{16 March 2007Contents1 Introduction 41.1 What is Biopython? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.1.1 What can I nd in the Biopython package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.2 Installing Biopython . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51.3 FAQ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52 Quick Start { What can you do with Biopython? 62.1 General overview of what Biopython provides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62.2 Working with sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62.3 A usage example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.4 Parsing sequence le formats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.4.1 Simple FASTA parsing example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.4.2 GenBank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.4.3 I love parsing { please don’t stop talking about it! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.5 Connecting with biological databases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.6 What to do next . . . . . . . . . . . . . ...