Tutorial

Biopython Tutorial and CookbookJe Chang, Brad Chapman, Iddo FriedbergLast Update{24 October 01Contents1 Introduction 31.1 What is Biopython? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.1.1 What can I nd in the biopython package . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31.2 Obtaining Biopython . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.3 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.3.1 Installing from source on UNIX . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41.3.2 from on Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51.3.3 Installing using RPMs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.3.4 with a Windows Installer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.3.5 Installing on Macintosh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61.4 Making sure it worked . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71.5 FAQ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 Quick Start { What can you do with Biopython? 92.1 General overview of what Biopython provides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92.2 Working with sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...