tutorial

ReverseengineeringmammaliantranscriptionalregulatorynetworksPavelSumazin AndrewDSmithContents1 Introductionandbackground 11.1 Backgroundontranscriptionalregulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11.2 Genome scaledataonregulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21.3 Overviewofthistutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32 Technicaldetailsoftheanalysismethods 42.1 Identifyingdifferentiallyregulatedandco regulatedgenesets . . . . . . . . . . . . . . . . . 42.1.1 Differentialexpression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52.1.2 Measuringsimilaritybetweenexpressionprofiles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62.1.3 Clusteringgenesbyexpression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72.1.4 Inferringdirectregulatoryinteractions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82.2 Modelingregulatoryelements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112.3 Predictingtranscriptionfactorbindingsites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142.4 Modelingmotifenrichmentinsequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172.4.1 Motifbasedonlikelihoodmodels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 172.4.2 Relativeenrichmentbetweentwosequencesets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192.5 Phylogeneticconservationofregulatoryelements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202.5 ...