Université de la Méditerranée Aix-Marseille II Faculté des ...

Université de la Méditerranée Aix-Marseille II
Faculté des sciences de Luminy


oN attribué par la bibliothèque
|_|_|_|_|_|_|_|_|_|_|


THESE

Pour obtenir le grade de

DOCTEUR DE L’UNIVERSITE DE LA MEDITERRANEE

Discipline : BIOINFORMATIQUE

présentée et soutenue publiquement par



François ENAULT

Le 21 octobre 2005

Titre :

Contribution à la prédiction de la fonction des gènes par l’analyse de leur contexte
génomique et de leur co-évolution.


Directeur de thèse :

Jean-Michel CLAVERIE



JURY

M. Jean-Michel CLAVERIE Directeur
M. Hervé DARBON Président
M. Patrick FORTERRE Rapporteur
M. Olivier GASCUEL
M. Karsten SUHRE co-Directeur

 INTRODUCTION 7
Contexte
1 Les méthodes d'annotation fonctionnelle 8
1.1 Les méthodes par homologie et leurs limites 8
1.2 L'analyse du contexte génomique 9
2 Les trois principales méthodes d'analyse du contexte génomique 11
2.1 Fusion de gènes 11
2.2 Proximité des gènes sur le chromosome 12
2.3 Les profils phylogénétiques 14
3 Les différents types de profils phylogénétiques 17
3.1 Les profils binaires basés sur l'homologie 18
3.2 Les profils binaires ...